微生物降解式移动厕所依托生物发酵实现排泄物就地减量，除箱体、门窗、照明通风等通用结构外，整套设备依靠发酵处理单元、搅拌机构、温湿度调控组件、控制系统等核心部件协同工作。区别于其他类型移动厕所，其核心功能集中在生物降解仓，各部件运行状态直接影响发酵分解效果。
发酵仓是微生物降解的核心空间，排泄物直接落入仓内，仓体用来盛放木屑、秸秆等有机填料，为微生物菌群提供生存环境。仓体一般为密闭防渗结构，具备防腐性能，可减少污水渗漏。仓内空间大小，直接决定设备的日均承载人次。仓体设有检修口，方便后期补充填料、清理残渣，日常需要保持仓内合适的干湿环境，不能进水、避免大量雨水渗入，否则会造成填料板结，降解失效。
属于关键运动部件，主要由搅拌主轴、搅拌桨叶、驱动电机组成。使用之后，搅拌机构定时运转，将排泄物与发酵填料、微生物菌种充分混合，让物料均匀接触，避免局部堆积、发臭。桨叶容易缠绕杂物，出现异响、卡滞时需要及时停机检查。搅拌频率会根据使用人流进行调节，搅拌不正常会出现物料结块、降解不完全、异味增大等情况。
微生物的活性对温度、湿度较为敏感，该组件保障发酵环境满足菌群生存条件。包含仓内温度传感器、加热辅助模块、透气排风结构。低温环境下，辅助加热部件提升仓内温度，维持微生物活性；湿度传感器监测仓内物料干湿状态。湿度过高容易出现物料沤烂、渗水；过于干燥，微生物代谢变慢。配合排风系统排出发酵产生的水汽、气体，降低仓内潮气。部分简易型号无加热装置，低温地区降解效率会明显下降。
主要为蹲座基座、落料通道。大小便通过基座落入下方发酵仓，通道内壁保持光滑，减少污物粘附挂壁。如果污物长期堆积在通道位置，会滋生异味，需要定期清理，防止物料堆积堵塞落料口。
包含主控电路板、时间继电器、各类传感器、操作面板。用来设定搅拌周期、加热启停逻辑，采集仓内温度数据，自动控制搅拌、加热、排风整套流程。传感器如果被物料、灰尘覆盖，会出现数据不准，造成加热、搅拌工作异常。电气元器件做防潮防护，规避潮湿环境带来的故障。
填料一般为木屑、稻壳、秸秆粉碎料等有机基材，是微生物生存的载体；微生物菌剂维持发酵分解能力。填料会随着发酵持续消耗减量，需要定期补充；消毒剂、强腐蚀性清洁剂不可以倒入厕位，会杀灭有益微生物，直接破坏整套降解系统。
由通风管路、排风扇、除臭组件组成。发酵过程会产生气体，通过排风系统将气体排出，降低仓内气压，减少异味向厕位反流。通风量需要适度控制，通风过大容易造成仓内水分快速流失，物料干燥，不利于发酵。
